La Universidad de Jena es la que más descubrimientos ha presentado durante los últimos años dentro de las ciencias naturales clásicas: entre 2002 y 2004, los científicos del centro alcanzaron 61 hallazgos en campos como la Biología, la Química o la Física. Por lo que respecta a la medicina, son el centro Charité de Berlín así como los de Colonia, Freiburg, Tübingen y Heidelberg los que se destacan: la universidad berlinesa ha conseguido 128 descubrimientos en esa área. En las investigaciones farmacéuticas sobresalen las universidades de Erlangen-Nürenberg, Greifswald y Munich. Desde 2002 en las universidades alemanas funciona el llamado "Privilegio de los profesores": los investigadores deben presentar a sus respectivas universidades los descubrimientos que han conseguido; los centros deciden entonces si les ceden los derechos para patentarlos o bien se los quedan ellos mismos. De esta forma, el número de hallazgos presentados sirve para ver cuál es el rendimiento de cada uno de los centros universitarios.
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